Tercer Adelantado de Costa Rica, hijo de Gonzalo Vázquez de Coronado y Arias Dávila y Ana Rodríguez del Padrón. Posiblemente nació en la ciudad de Santiago de Guatemala (hoy Antigua Guatemala) y llegó a Costa Rica con su padre en 1600.
En agosto de 1612, por fallecimiento de su progenitor, heredó el título de Adelantado de Costa Rica. No se han hallado pruebas documentales de que se efectuase la transmisión formal del Adelantamiento en su favor, aunque hay documentos notariales que lo mencionan con ese título. Aparentemente no contrajo matrimonio y en todo caso no dejó descendencia legítima. No obstante, en un documento de 1669 se mencionan unas tierras conocidas como La vega del río Seco, a cuatro leguas de la ciudad de Esparza, que hacia 1618 ("ha más de cuarenta años") habían pertenecido a don Juan Vázquez de Coronado, de quien las heredó su hijo don Antonio Vázquez de Coronado, el cual a su vez las dejó a su hermano el alférez don Agustín Vázquez de Coronado. Es posible que fuesen hijos extramatrimoniales de don Juan, ya que el Adelantamiento fue heredado por su hermano Diego Vázquez de Coronado y Rodríguez del Padrón.